Qual o seu sistema operacional? X64 ou x86?
E você tem que verificar se o diretório do java confere
Por exemplo, no meu pc, o .bat fica assim
@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D "%BINDIR%"
"C:\Program Files (x86)\Java\jre7\bin\java.exe" -Xincgc -Xmx1024M -jar craftbukkit.jar
PAUSE
Diretório destacado em vermelho.